Der Senat ist ein Selbstverwaltungsorgan und das oberste Gremium der Universität. Als demokratisch gewähltes Kollegialorgan hat der Senat, je nach Gesetzeslage, gesetzgebende, beratende, strategische und kontrollierende Leitungsaufgaben. Der Senat beschließt die universitäre Grundordnung.

Seit dem 1. Januar 2006 ist das Universitätsklinikum Magdeburg eine rechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts (A.ö.R.) des Landes Sachsen-Anhalt. Die Universitätsmedizin Magdeburg besteht aus dem Universitätsklinikum Magdeburg und der Medizinischen Fakultät der Universität Magdeburg. Beide haben unterschiedliche Rechtsstellungen und nehmen ihre gemeinsamen Aufgaben in einem Kooperationsmodell wahr. In der Universitätsmedizin Magdeburg sind daher Forschung, Lehre und Krankenversorgung untrennbar miteinander verbunden.

Die Zentrale Verwaltung gliedert sich in sechs Dezernate sowie die Rechtsstelle, welche als Stabsstelle direkt dem Kanzler zugeordnet ist. Sie versteht sich als Dienstleister zur Unterstützung der Prozesse in Lehre und Forschung.